该区域于2000年被列为国家重要湿地，地处河流与海洋的交汇区，是我国东部大陆海岸冬季水鸟最富集的地区之一，也是东亚——澳大利西亚候鸟迁徙路线中的重要驿站和世界濒危物种黑嘴鸥、黑脸琵鹭和卷羽鹈鹕的重要越冬地与迁徙停歇地。杭州湾湿地目前已发现鸟类303种（实施前为169种），其中列入国家重点保护野生动物名录的鸟类33种（实施前为13种），列入世界自然保护联盟IUCN中国受威胁鸟类名录的鸟类16种（实施前为9种）；记录其他维管束植物、浮游植物、底栖动物、鱼类等生物共550余种。